在南下进攻湖南的北洋军中，大部分是北方的部队，他们从几千里之外远征湖南，这可是一件难得的新鲜事。因此，大部分的军官都感到兴致勃勃，劲头十足，想在这场战争中建功立业，拔得头筹。
1918年2月26日，曹锟一声令下，吴佩孚便率北洋第三师兵分两路，直扑岳阳。第三师的前身本是袁世凯练就的北洋六镇中的第三镇，1906年成军的时候，首任统制是段祺瑞，段祺瑞调任第四镇后又由段芝贵接任过一年，从1908年后便是曹锟充当统制，素来便是北洋军中的劲旅。
辛亥革命后，北洋第三镇改为陆军第三师，师长仍旧是曹锟，吴佩孚则被提拔为炮兵团团长，继而又升为第六旅旅长。曹锟就任直隶督军后，便让吴佩孚代理了第三师师长一职。吴佩孚虽然是秀才出身，但却练兵有方，在原先的北洋老部队日显疲态的时候，北洋第三师却在他的训练下虎虎有生气，此次出征，果然大有斩获。
在发动进攻的第二天，北洋军便攻破了湘军的第一道防线，并开始实行钳形战术，意图截断湘军的后退路线。在北洋军的逼迫下，湘军慌忙放弃战略要地羊楼司，撤回岳阳。吴佩孚在占领了羊楼司后，于3月16日上午下令总攻岳阳。虽然当时的南军兵力在数量上超过北军，但由于连吃败仗、内部又不统一，于是未经抵抗，便在17日弃城南逃。
在吴佩孚率军进攻岳阳的同时，张敬尧也率所部第七师对平江发动了猛烈攻击。平江是湖南省城长沙东面的重要屏障，尽管湘军在此进行了顽强抵抗，但由于北洋军实力过于强大，3月22日平江便告失守。
在岳阳和平江被北洋军相继攻下后，坐镇长沙的南军湘鄂桂联军主帅谭浩明却束手无策。在岳阳失守的那天，谭帅还故作镇定，他发出一个安民告示：“岳阳小挫乃是兵家常事，本帅坐镇长沙，自有主张。”但刚过一周，这位号称“自有主张”的谭帅便带着他的桂军从长沙溜之大吉，临走之前，还不忘在城内大肆劫掠一番。
3月26日，吴佩孚不费一枪一弹便占领了长沙，并南下湘潭继续追击。随后，张敬尧率第七师开进长沙，并在第二天被任命为湖南督军兼署省长。
在前方捷报频传的情况下，皖系的主战派们兴奋至极，他们随后发出通电，要求段祺瑞重新出任内阁总理，以更好的完成“武力统一”。这一次，段祺瑞获得了空前的支持，不但曹锟、张怀芝等人领衔通电，就连长江三督也在通电后列名。冯国璋见大势所趋，也只好要求段祺瑞三度出山，重新组阁了。
冯国璋再次对段祺瑞让步，除了前方打了胜仗和各省督军联名支持老段，还有一个重要的原因是徐树铮引奉军入关所导致。在段祺瑞下台后，徐树铮四处活动，力图要让老段重新出山，这一次他把筹码压在了奉军张作霖身上。
在经过一番密谋后，张作霖突然以“南下参战”的名义派出两个混成旅挥师入关，一个旅进驻滦州，另一个旅则开进了秦皇岛。奉军此举意欲何为呢？原来，徐树铮事前得知在段祺瑞之前任总理时与日本秘密购买的一批军械即将抵达秦皇岛，这次他要做个顺水人情，让奉军将此批军械截下，以换取张作霖对段祺瑞复出的支持。
2月23日，等军械已经到岸后，奉军的张景惠、杨宇霆等部将军火装上火车，乘着前来接收军火的人不备，将火车机车倒挂过来，随后一溜烟的开出关外。接收大员见军火列车突然朝着相反的方向驶去，连呼上当，但为时已晚。张作霖后来大肆扩充队伍，这批军械可是帮了大忙。
对于徐树铮搞的这种小动作，段祺瑞是不赞同的，但生米已经煮成熟饭，也只能私下将小徐训斥了一顿了事。但对于冯国璋大总统来说，小徐这样做就未免太伤人了。本来这批军械是以北京政府的名义购买的，并要分配给各参战部队，但被小徐这么一截，结果只便宜了张作霖一人（虽然后来他分出了一些给友军，但大头还是奉军占了）。更重要的是，奉军开进关内并造成了逼近北京的态势，这不但损害了冯总统和王总理的威信，也直接威胁到他们的人身安全。
在此事发生之后，王士珍很快便请假并躲到了天津，而此时皖系的主战派又鼓噪着要让段祺瑞出山，冯国璋还能怎么办？只能完全顺从这些人了！
3月29日，王士珍内阁垮台，段祺瑞被任命为国务总理，这也是他在继1916年6月和1917年7月后的第三次出任总理。当日，段祺瑞公布内阁成员名单如下：外交总长陆征祥、内务总长钱能训、陆军总长段芝贵、海军总长刘冠雄、教育总长傅增湘、司法总长朱深、农商总长田文烈、交通总长曹汝霖（同时兼任财政总长）。
在“和战之争”之中取得胜利的段祺瑞在第三次组阁后，更是信心满满，决心要趁热打铁，全力推行他的“武力统一”政策，一举平定西南，为民国立一奇功。此时，前线的北洋将士也很配合，他们在长沙稍事修整后，便分三路继续向南推进：第一路进攻衡山、衡阳；第二路进攻湘乡、宝庆；第三路进攻醴陵、攸县。
为了鼓舞北洋军的士气，段祺瑞在上任不到一个月便亲自南下督战。4月20日，段祺瑞一行抵达了前方总指挥部所在地汉口，随即又召开军事会议，与会者有前线的两位总司令曹锟和张怀芝、湖北督军王占元、湖南督军张敬尧、河南督军赵倜，其他如江苏、江西、安徽、山西、陕西、奉天六省也派有代表参加。
在会上，段祺瑞特别强调了北洋军人的团结，并十分大度的将之前陈光远、王汝贤、范国璋等人的处分全部取消，以鼓励大家同心协力，共同完成武力统一大业。在会议即将结束的时候，前方又传来喜讯，北洋军在24日攻下衡阳，正在挺进湖南中部。
4月25日傍晚，段祺瑞一行兴致勃勃的乘坐“楚材”舰前往九江、南京，但乐极生悲的是，由于当时江风过大，加上航速过快，结果“楚材”舰与上行的招商局客轮“江宽”号相撞，“江宽”号当场被撞沉并造成了上百人伤亡，而“楚材”舰也被撞伤，段祺瑞的养子兼亲信秘书罗凤阁在这次事故中不幸身亡，令老段感到十分痛心。
事情偏这么巧，段祺瑞等人改乘“楚泰”舰继续前行。老段怎么也没有想到，因为自己的这次南下，居然会酿成这样一件惨案，原本高兴的他，一下就沉重了起来。
也许的巧合，前线的北洋第二路军也在次日大败，几乎被南军打得溃不成军。事情是这么回事，张怀芝率领的第二路军本是多支杂牌军混合而成的，因此进军缓慢，但他们看到吴佩孚、张敬尧等人连战连捷后，不免也着急了起来，生怕自己去晚了就没仗打了，因此在四月中旬后，他们又改为急行军，简直就是要和第一路军赛跑。
第二路军是由江西进入湖南东部的，在向南挺进的过程中，由于进军太速，结果把刘建藩部湘军撤退的后路给断了。所谓“哀兵莫追”，北洋第二路军的急躁行动反激发了湘军的拼死一战的斗志，而刚得到喘息的桂军马济部也为了防止北洋军继续追击而突然掉头，配合刘建藩部打一个反击战。
4月26日，南北军在湖南新市一带发生激战，但蹊跷的是，人数占优的北洋军却并没有传说中的那般神勇，主攻部队山东第一师甫一接战，便如潮水般纷纷后撤，师长施从滨差点就溺水而亡，而其他部队如张宗昌的江苏第六混成旅、安武军等见势不妙，也几乎是溃不成军，一直从醴陵、攸县撤到了长沙。第二路军总司令张怀芝见自己的部队被打得丢盔弃甲，急忙从长沙跑回了汉口。
北军失败的原因，一是因为过于冒进，急于贪功；二是北军初到南方，对当地的地理形势、饮食习惯等毫不熟悉，一时间也适应不过来。譬如攸县，这里是典型的丘陵地带，到处是沟渠水塘、羊肠小径，又多有小山小丘，松林茂密、茅竹丛生，而北洋军通常是在宽阔平坦的北方大地上训练演习，来到这烟雾弥漫、地形错综复杂的南方后，不免昏头昏脑、难辨方向。加上当时又是梅雨季节，天气闷热不堪，而道路又泥泞不堪，这些因素对北洋军都大大的不利。
湘军刘建藩部在追过株洲后，仍旧孤军深入，继续向长沙前进。由于湖南新任督军张敬尧的第七师在占领长沙后并没有南下，这时便正好将湘军截住，双方对峙了数日。为了减轻自己的压力，张敬尧让张宗昌收集自己的旧部并加以重新武装，借以反攻湘军。
在大败之后，张宗昌正担心自己部队的番号被取消，于是这次决心冒死一攻，以求将功赎罪。后来，张宗昌亲率敢死队1200人，直插湘军中央阵地，并四面冲击，湘军一时猝不及防，结果全线混乱，主将刘建藩也在慌乱当中溺水而亡（也有说是因要对部下军法从事而反被部下刺死的）。
在这次湘东反击战结束后，南北方的形势才初步稳定下来。正当段祺瑞眼巴巴的盼着北洋军继续南下的时候，前军总指挥曹锟却突然带着他的司令部于5月29日返回了天津。原来，在得知徐树铮引奉军入关后，曹锟十分不满，他认为自己在前方为北洋系拼杀，而某些人却在自己的背后插刀子，侵占自己的“势力范围”，这是他无法容忍的。
6月9日，败军之将、第二路军总司令张怀芝也灰溜溜的回了自己的老巢济南，不再好意思提南征之事了。由此，段祺瑞的“武力统一”政策再次夭折。
6月11日，曹锟在天津召开会议，讨论对南作战问题。徐树铮作为段祺瑞的代表赶赴天津，试图扭转对段祺瑞不利的政策。就在会议期间，却发生了一件令人震惊的事情，这就是前陕西督军陆建章被害一事。
与段祺瑞等人一样，陆建章也是小站旧人，而且一直是袁世凯的心腹亲信。清廷覆灭后，陆建章担任了右路备补军统领（后改为警卫军）和北京军政执法处处长，对异己分子向来就是毫不手软（譬如武汉首义的张振武便死于其手），因其杀人如麻，人送绰号“陆屠夫”。在民国初年的白狼之乱中，陆建章被授为陆军第七师师长，在率兵进入陕西剿匪后担任了督军一职，帮袁世凯稳固了陕西的地盘。
袁世凯称帝失败后，陆建章被原陕南镇守使陈树藩排挤，给撵出了陕西地盘。失势后的陆建章后来便投靠了冯国璋，并暗中为冯服务，奔走赣、鄂，为和议出力。本次他来天津，正是为了说和而来。徐树铮对陆建章的幕后行动早有所知，心里恨得只牙痒痒，于是在6月14日约请他到奉军司令部（小徐此时正和张作霖打得火热，被委为关内奉军副司令）一谈。陆建章也知道小徐不怀好意，但想自己也是段祺瑞的同辈中人，去了又有何妨。
进得营内后，徐树铮开始还好言招待，大家言笑如初。等酒席吃到一半，徐树铮突然对陆建章说：“后面有个花园，里面景色极佳，我想请你进去游玩一番，顺便谈点私事。”陆建章不知其中有诈，便欣然入内。不料两人进去后，徐树铮立刻翻脸厉声喝斥道：“你知罪否？”陆建章大惊失色，说：“我有何罪？”徐树铮骂道：“你为南方做走狗，成天里东奔西走，妄谈和议，破坏段总理的统一政策，你还敢说自己无罪？”
陆建章冷笑道：“主和之人，又不止我一个，难道都要归罪于我？”徐树铮变脸道：“哼，今天恐怕容不得你说什么了！”说罢，手一挥，令左右将陆建章绑上，陆建章见势不妙，慌忙改口愿为段总理效力，但小徐完全置之不理，掏出手枪亲自把昔日威风凛凛的陆将军给枪毙了。
小徐妄逞辣手、擅毙陆建章，此举真可谓是石破天惊、胆大包天。消息传出，海内震惊，就连段祺瑞得知消息后，都惊得半天没说话，随后便令人给陆建章的遗属送去五千大洋，以示慰问。冯国璋还是在接到要将陆建章勋章撸去的命令时才知道此事，但人都死了，还要勋章干什么？不过是徐树铮非要给陆建章一个“煽惑”之罪，以示名正言顺罢了。
据说，冯国璋开始不肯给这道命令盖印，并愤愤的对手下人说：“你看看，这有多么荒唐！徐树铮这么胡闹，难道芝泉就一点都不管么？”最后，冯国璋又生了一会闷气，但事已如此，也只好把印一推，了结了这段公案。
陆建章虽然被杀了，但后事还没有完。陆建章在做右路备补军统领的时候，原第二十镇营官冯玉祥因“革命嫌疑”而被解送原籍，这时正好被老长官陆建章知道，于是对冯施以援手，并让他留在左路备补军中继续担任营管带，这才有了后来的第十六混成旅。1918年2月，受命征伐南军的冯玉祥部开到皖鄂赣交界的武穴时，突然宣布主和，便是陆建章的主意。陆建章被杀后，冯玉祥气愤难平，从此对段派阳奉阴违，不再服从。至于小徐，最后也是冤冤相报，这是后话，先搁下不提。
为了挽回人心，段祺瑞委派曹锟为四川、广东、湖南、江西四省经略使，张怀芝为援粤（当时广东的龙济光部被粤军、桂军围攻）总司令，吴佩孚为副司令，试图让他们再度南下，继续对南方作战。但是，前线部队大都为直系，加上徐树铮擅毙陆建章之事的影响恶劣，这些人大多不愿意再为段祺瑞卖命了。
6月15日，湖南前线的南北双方达成停战协议，而主将吴佩孚不断的发出停战议和通电，并以缺饷等借口拒绝继续作战。段祺瑞虽然百折不挠，但对于这些直系部队，他也是“心有余而力不足”，只能干着急的份……没有自己的嫡系部队，事情不好办哪！
在“武力统一”暂告一段落后，又有一件棘手的事情来了，那就是冯国璋当时是代理大总统，代理期限为一年，从1917年8月算起的话，时间将满，必须要在法统上进行重新选举，以确定新的大总统。
前面说到，段祺瑞拒绝恢复国会，而是搞了一个临时参议院来替代，其理由有二：一是第一届国会张勋复辟前已由当时的大总统黎元洪解散，断无恢复之理，而新国会在仓促间无法产生；二是第一届国会的组织章程等存在问题，需要重新研究修订。
在以梁启超为首的研究系的帮助下，各省督军（西南各省除外）在1917年10月底均选派参议员到京。11月10日，临时参议院在京开幕，原袁世凯的秘书、皖系政客王揖唐（即王赓）被选为正议长，而前清高官那彦图则被选为副议长。
临时参议院接到的第一项任务是对原先的国会组织法和两院选举法进行修改，换句话说，就是要把之前的参众两院的“八百罗汉”改为“五百大仙”，免得人多嘴杂，每次议事都是议而不决，决而不议，徒然浪费纳税人的钱。经修改，原参议院的议员名额由274人减为168人，众议院的则由596人减为408人，相当于每一百万国民出一个代表。另外，参议员也不再由各省议会选出，而改组织地方选举会选举产生，避免各省督军从中干涉舞弊。作为历史的反动（非政治之“反动”也），这一次的修改在财产、教育等方面提高了选举人和被选举人的资格，以防止出身甚低的革命党从中捣乱，这虽然便于当时的国情，但终究是反时代潮流而行之。
1918年2月下旬到6月中旬，除西南省份外，其他各省便开始组织第二次国会选举。这种全国性的选举，如果把前清资政院的选举也算进去的话，从1909年到1918年的十年间实际上搞了三次（中间那次即第一届国会选举），这一次按理说应该有点经验了，但后来的事实证明，虽然在一定程度上提高了选举人和被选举人的资格，但这次选举的质量还是很差，进步不大。